多年前，蒙古入侵中原，在无敌的蒙古铁骑面前，各门各派武林人士被尽数剿灭。而此时作为武林翘楚的少林、武当、华山、昆仑、青城，为了防止被各个击破，合并成为“五大门派”的结盟组织，总算在这乱世之中存活了下来。
游戏的剧情正是在元末，此时天灾不断、瘟疫四起、人民颠沛流离，而在那些统治者面前汉人命如草芥。多年来的积怨即将爆发，以五大门派为首的反元势力，打算号召群雄推翻暴政还我河山。
五大门派之中，则以：
华山龙吟风，江湖人称“傲剑”；
武当诸葛雄，江湖人称“狂刀”；
青城上官羽，江湖人称“小孟尝”
三人为年轻一代的翘楚，带领中原武林进行与元军展开一场生死较量。
而元军这边虽然腐败，但也渐渐在觉察到武林反元势力开始风起云涌。
此时，西域新起的血衣教（千幻邪魔组织），开始为元帝国皇帝“元顺帝”出谋划策。他认为目前最好的办法就是，通过汉人来制衡汉人，只要中原武林发生内斗，那就可以各个击破了。
于是“元顺帝”偷偷下了一道密诏，为了迫使中原武林自相残杀，开始挑拨各大门派之间微妙的关系。
首先五大门派中，上官羽背叛了反元同盟组织，加入元军成为先锋。
武当派这边，曾经有华山蒙面刺客前来挑衅，导致武当和华山产生嫌隙。
少林派这边发现目前情势不对，似乎有一股力量正在分化五大门派，于是广发英雄帖调节争端。除五大门派之外，三教九流悉数到场，其中包括地狱门阴阳判官、黑风寨秦虎、喇嘛教普通使者、盐帮神算子。
谁知参加本次少林英雄帖的人，尽数遭到了埋伏，死伤惨重。
种种迹象表明，这件事情和上官羽，以及一真和尚有关。
武林人士最引以为傲的武当“狂刀”诸葛雄，竟然被一名华山神秘剑客斩断了右臂。在这场风波之后，武林传言少林和华山已经和朝廷联手。
一时间江湖人人自危，各门派之间相互猜疑，一场腥风血雨席卷中原。
游戏的剧情就这么展开了，每一个人物都有独立的剧情线。
独孤残
来自四川苦行武者
在十五年前，独孤残是威震大江南北的金银双剑，在发现血衣教的阴谋之后，独身闯入总坛打败千幻邪魔众多手下，斩杀了当时和西域双怪齐名的“血魔”。
然而遗憾的是，他最终还是败在了千幻邪魔之手，被当场被斩断双足，并弃尸荒野。然而命大的他最终还是活了下来，但只能隐姓埋名，不再过问江湖之事。在这期间，他使用双剑代替走路，最终克服了残疾，成为一代宗师。
十五年后，独孤残五十三岁。他发现血衣教再次重出江湖，为报当年之仇，独孤残重出江湖，再次面对自己的宿敌“千幻邪魔”。
最终他成功击杀了千幻邪魔，而血衣教也被阴阳判官瓦解。
独孤北走星宿海，音讯杳然。
不过在明洪武年间，有自云为其传人之双剑奇侠威震江湖。
鬼冢客
鬼冢客，来自东瀛的刀客，二十五岁。
他是菊九流扶桑刀客，因为自己身材短小，因此主要研究奇门遁术。多年前就非常仰慕中原武学，在经过师父恩准之后前来中原找刀客切磋。
在五大派惨案发生之前，他和未断臂的狂刀交过手，初次交锋两人竟然打成了平手，就连诸葛雄都惊叹外族之人竟有如此实力。
诸葛雄被华山蒙面人偷袭时，鬼冢客及时出现这才保住了狂刀的生机。
金轮童子
颜思齐，十七岁
昆仑掌门长生真人爱徒，因十岁时顽皮偷吃师父一百零八颗“还少丹”，以至于多年来一直都长不大，但也因此练成了本门至高武学“混元一气功”。
在得知血衣教中有一本秘籍：血衣大法，可以重铸身体，让自己恢复常人，于是自告奋勇加入了追察真象的行列。
最后，金轮童子成功闯入了血衣教总部，而且还拿到了返形之药，但是吃下去之后没有效果。最后金轮童子不得不继续忍受着这具孩童的身躯。
龙吟风
洛阳“傲剑”，二十四岁。师承青松子傲厉剑法。
因上官羽以司徒翎性命相要挟，逼迫龙吟风蒙面暗算武当高手。在上官羽伏诛之后，一直没有其他人知道此事，但龙吟风多年来都自责不已。
诸葛雄和龙吟风的实力旗鼓相当，但他却偷偷保留了最后一招“破刀式”。也正是因为这一招让诸葛雄来不及反应，手臂被斩断。昏迷之前，诸葛雄隐隐感觉这是华山之人。
龙吟风终因此时无法释怀，选择隐居冀北，不再返入师门。
普陀使者
元朝喇嘛教护教使者，54岁
他本次来到中原的目的是暗中夺取密诏，结合中原武林对抗血衣教。然而因为是外族，被误为元朝奸细。
秦虎
黑风寨寨主﹐为太行山群盗之首，42岁。
他的存在犹如梁山好汉一般，多年前一直盘踞山区地形当山大王。之后普陀使者出现，花重金请他出山协助参与掠夺密诏。
上官羽
小孟尝，33岁
原是青城派继承掌门最佳人选，而且为人仗义豪爽，远有盛名。
但这仅仅是他为了掩饰自己的野心而做出来的样子，其实他本性奸诈深沉，而且深具野心，不仅仅觊觎青城掌门，甚至还想成为武林盟主。
但是掌门却看穿了他的心思，他的第一步计划落空，并未成为青城派掌门。这之后他投靠了元军，通过自己的实力渐渐成为了将军。之后其后率兵围剿太行山诸盗，与秦虎成为仇敌。
顺帝密诏事件中，他设计各派高手互相残杀，成功坐收渔翁之利。
对郡主司徒翎不怀好意，屡次表现出追求之意，想通过司徒翎平步青云。
在朝廷被推翻之后，他选择投入陈友谅旗下
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